بسیاری از اساتید بزرگ فلسفه و عرفان اسلامی از شاگردان آیت‌الله قاضی بودند. از میان شاگردان ایشان می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
آیت‌الله شیخ علی اکبر برهان
آیت‌الله عباس قوچانی
آیت‌الله حسنعلی نجابت شیرازی
آیت‌الله حاج شیخ علی محمد نجفی بروجردی
آیت‌الله سید عبدالحسین دستغیب
آیت‌الله محمد تقی بهجت فومنی
آیت‌الله خویی
آیت‌الله میرزا امیر هادی زاده
سید هاشم حداد
علامه طباطبایی
علامه سید محمد حسن الهی طباطبایی
آیت‌الله محمدتقی آملی
آیت‌الله سید عبدالکریم کشمیری
آیت‌الله سید احمد رضوی کشمیری
درباره آیت الله میرزا علی قاضی آثار زیادی نگاشته شده است که برخی بدین قرار است:
تاریخ الاعلام
صلح کل
دریای عرفان
اسوه عرفان
شرح دعای سمات
بحر خروشان
آیت الحق (دو جلدی)
عطش
آیت‌الله میرزا علی قاضی در ۱۶ بهمن ۱۳۲۵ خورشیدی در سن ۸۳ سالگی وفات نمود، و در قبرستان وادی السلام، نزد پدر خود، به‌خاک سپرده شد.
قرار است در مورخ دوشنبه ۱۵ آبان ۱۳۹۱ ساعت ۸:۳۰ الی ۱۷ کنگره بزرگداشت آیت الله حاج سیدعلی آقا قاضی (قدس سره) در تالار وحدت دانشگاه تبریز برگزار گردد. مراسم اختتامیه نیز روز سه شنبه ۱۶ آبان انجام خواهد گرفت. این کنگره با همکاری اداره کل فرهنگ و ارشاد اسلامی آذربایجان شرقی، استانداری آذربایجان شرقی، دانشگاه تبریز، صدا و سیمای مرکز آذربایجان شرقی، بنیاد فرهنگی و خیریه نیمه شعبان مسجد آیت الله انگجی تبریز، مدیریت حوزه های علمیه آذربایجان شرقی، دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی تبریز، سازمان میراث فرهنگی و گردشگری استان آذربایجان شرقی، انجمن آثار و مفاخر فرهنگی برگزار خواهد گردید.