کتاب «نیشابوری و تفسیر غرائب‌القرآن» در چهار فصل ابتدا به معرفی شخصیت و آثار محمدبن حسن‌بن نیشابوری، از عالمان برجسته اسلام پرداخته و سپس تفسیر غرائب‌القرآن را که به قلم این دانشمند اسلامی نگاشته شده است، به صورت اجمالی معرفی کرده و پس از آن مسایل فقهی در تفسیر غرائب را شرح و بررسی کرده است.
محمدخانی پس از معرفی صاحب اثر، به بیان نظریات نیشابوری در زمینه‌های مختلف فقهی، کلامی، طبیعیات، اهل‌بیت(ع)، مسایل ادبی و بلاغی و اسرائیلیات پرداخته و سپس تاویلات نیشابوری را آورده است. یکی از ویژگی‌های تفسیر نیشابوری، تاویلات قرآن است که به جهت همین تاویلات، این تفسیر را تفسیری عرفانی نام نهاده‌اند.
کتاب «غرائب‌القرآن و رغائب‌الفرقان» اثری در تفسیر قرآن است که نویسنده آن تلاش دارد دایر‌ه‌المعارفی از علوم قرآنی و اسلامی را ارایه دهد. از این رو، این کتاب را تفسیری جامع دانسته‌اند. در این تفسیر وجهه کلامی عرفانی، غالب است و نویسنده به دور از تعصب، مباحث کلامی را بیان کرده و در برخی موارد دیدگاه خود را نیز آورده است.
توحید ذاتی، صفاتی و افعالی، از جمله مباحث کلامی است که در مناقشات کلامی مطرح‌شده بسیار مورد توجه قرار گرفته است. این مباحث در اندیشه‌های نیشابوری نمود خاصی دارد و از ابعاد گوناگون به آن پرداخته شده است.
در قسمتی از کتاب می‌خوانیم: «یکی از مفصل‌ترین تفسیرهای نیشابوری، تفسیر سوره حمد است. این سوره از جهات گوناگون مباحث لفظی، فقهی کلامی، لطائف سوره و نیز وجه تسمیه سوره به نام فاتحة‌الکتاب، ام‌الکتاب و سبع‌المثانی مورد توجه مولف قرار گرفته است.»
کتاب نیشابوری و تفسیر غرائب القرآن به قلم حسین محمدخانی زير نظر اكبر ثقفیان و علی اوجبی در شمارگان هزار نسخه در 143 صفحه به بهای 65 هزار ریال برای نخستین بار از سوی انتشارات خانه کتاب در سال 1393 منتشر شده است.