مجموعه آثار شهید ثانی توسط مرکز احیای آثار اسلامی پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی تحقیق و منتشر گردیده است و فقط جلد اول (المدخل = الشهیدالثانی حیاته و آثاره) و آخر (فهارس) آن باقی مانده است.
در این مجموعه از نسخه‌های نفیسی در تصحیح و تحقیق رساله ها و کتب استفاده شده است که برخی از آنها به دست خط خود شهید ثانی نوشته شده است.
این مجموعه شامل ۵۵ اثر از آثار شهید ثانی در موضوعات فقهی، رسائل و آثار دیگر است که برای اولین بار کارهای چاپی آن انجام می شود و این آثار در طول ۱۰ سال شناسایی، گردآوری، تصحیح و آماده چاپ شده است.
یکی دیگر از ویژگیهای این اثر آن است که مقدمه آن به شرح حال شهید ثانی و آنچه در تاریخ آمده اختصاص دارد و جلد آخر موسوعه نیز به فهرستهای جامع این موسوعه اختصاص پیدا کرده است. در آغاز تمامی مجلدات یک دلیلی چاپ شده است که در این دلیل ، کلیه آثاری که در این موسوعه چاپ شده است گنجانده شده است.
آغازین مجلد این مجموعه با عنوان « المدخل = الشهید الثانی حیاته و آثاره » است که به همت موسسه کتابشناسی شیعه تهیه و تدوین گردیده است که در آِینده نزدیک منتشر خواهد گردید.
مجلدات این موسوعه به ترتیبی که در ادامه می آید عرضه شده است:
مقدمه این مجموعه در یک جلد با عنوان « المدخل = الشهید الثانی حیاته و آثاره » است که به همت موسسه کتابشناسی شیعه تهیه و تدوین گردیده است که در آِینده نزدیک منتشر خواهد گردید.
جزء اول (۱) = منیة المرید
جزء دوم ( ۲-۶ ) = الرسائل که شامل تصحیح رساله های زیر است :
کشف الریبة ؛ مسکن الفواد ؛ التنبیهات العلیة ؛ البدایة ؛ الرعایة لحال البدایة فی علم الدرایة
جزء سوم ( ۷-۳۰ ) = الرسائل که شامل تصحیح رساله های زیر است :
تخفیف العباد فی بیان احوال الاجتهاد ؛ تقلید المیت ؛ العدالة ؛ ماء البئر ؛ تیقن الطهارة و الحدث و الشک فی السابق منها ؛ الحدث الاصغر اثناء غسل الجنابة ؛ النیّة ؛ صلاة الجمعة ؛ الحث علی صلاة الجمعة ؛ خصائص یوم الجمعة ؛ نتائج الافکار فی بیان حکم المقیمین فی الاسفار ؛ اقل ما یجب معرفته من احکام الحج و العمرة؛ طلاق الغائب ؛ میراث الزوجة ؛ الحبوة ؛ اجوبة مسائل زین الدین بن ادریس ؛ اجوبة مسائل الشیخ حسین بن زمعة المدنی ؛ اجوبة مسائل احمد المازحی ؛ اجوبة مسائل السید شرف الدین السماکی؛ اجوبة مسائل النجفیة جزء چهارم ( ۳۱-۴۳ ) = الرسائل؛ که شامل تصحیح رساله های زیر است :
تفسیر آیة البسملة ؛ الاسطنبولیة فی الواجبات العینیة ؛ الاقتصاد و الارشاد الی طریق الاجتهاد ؛ وصیة نافعة ؛ شرح حدیث «الدنیا مزرعة الاخرة » ؛ تحقیق الاجماع فی زمن الغیبة ؛ مخالفة الشیخ الطوسی رحمه الله لاجماعات نفسه ؛ ترجمة الشهید بقلمه الشریف ؛ حاشیة خلاصة الاقوال ؛ حاشیة رجال ابن داود ؛ الاجازات ؛ الانهاءات و البلاغات ؛ الفوائد
جزء پنجم ( ۴۴ ) = تمهید القواعد
جزء ششم – نهم ( ۴۵ ) = الروضة البهیة فی شرح اللمعة الدمشقیة
جزء دهم و یازدهم (۴۶) = روض الجنان فی شرح ارشاد الاذهان
جزء دوازدهم ( ۴۷-۴۹ ) = المقاصد العلیة و حاشیتا الالفیة
جزء سیزدهم ( ۵۰ ) = الفوائد الملیة
جزء چهاردهم ( ۵۱- ۵۲ ) = حاشیة شرائع الاسلام و حاشیة المختصر النافع
جزء پانزدهم ( ۵۳ ) = حاشیة القواعد ( فواعد القواعد )
جزء شانزدهم ( ۵۴ ) = حاشیة ارشاد الاذهان
جزء هفدهم – بیست و هشتم ( ۵۵ ) = مسالک الافهام الی تنقیح شرائع الاسلام
جزء بیست و نهم = فهارس