محمود طیار مراغی در مقاله نگاهی به نسخه‌های خطی کتابخانه مدرسه سلطانی کاشان (آینه میراث، شماره ۱۶، صفحه ۷۹) آورده است: سه رساله ارزشمند عرفانی فارسی: تبصره‌الناظرین و تذکرهالذاکرین، رساله صوفیه صفویه، مناجات محمد بن سلطان محمد محقق اردبیلی بیدگلی … نسخه شماره ۳۵۶ با تاریخ کتابت ۱۰۷۹ق»
آثار دیگر وی عبارتند از:
۱٫ دیوان در دوازده هزار بیت که گویا نسخه‌ای از آن در دست نیست.
۲٫رساله تیسیرالمرام لتفسیر الکلام به عربی.
۳٫ریاض‌العارفین و منهاج‌السالکین در هشت روضه در موضوع عرفان و تصوّف.
فهرست مطالب کتاب به این قرار است:
شرح حال میرزا محمد اردبیلی معروف به محقق بیگدلی
منتخب اشعار محقق
معرفی نسخه ها
تذکرهالذاکرین
رساله صوفیه صفویه
رساله سوال و جواب / محمّد بن حسین الهی اردبیلی
مناجات
پایان بخش کتاب تصویری از آرامگاه محقق بیدگلی است و کتاب فاقد هرگونه اعلام، نمایه و کتابنامه است.
در این تصحیح از سه نسخه استفاده شده است:
۱- مجموعه خطی شماره ۳۵۶ کتابخانه مدرسه سلطانی کاشان حوزه علمیه امام خمینی
۲- تبصره الناظرین و تذکره العارفین، نسخه خطی شماره ۳۴۵ کتابخانه مدرسه نمازی خوی
۳- رساله سوال و جواب از محمدبن حسینی الهی اردبیلی، رساله دوم مجموعه خطی شماره ۱۷۶۶ مرکز احیاء میراث اسلامی.
شایان ذکر است رساله سوال و جواب از الهی اردبیلی است.
تصحیح چهار رساله تذکرهالذاکرین، رساله صوفیّه صفویه، رساله سوال و جواب و مناجات (عنوان رساله سوال و جواب روی جلد ذکر نشده است) توسط افشین عاطفی و ویرایش احمد مزرعتی در ۵۰۰ نسخه از سوی انتشارات همگام با هستی منتشر شده است.