میراث مکتوب – جایزۀ دکتر فتحالله مجتبایی هر ساله در دی ماه به بهترین پایاننامۀ دورۀ دکتری در زمینه‌های «ادیان و عرفان» و «زبان و ادبیات فارسی» با هدف ارتقاء علمی و تشویق دانشجویان دورۀ دکتری در رشته‌های مذکور اهدا می‌شود.
دانشجویان دورۀ دکتری در این دو رشته که در سال ۱۳۹۲ از پایان نامۀ خود دفاع کرده‌اند، می‌توانند یک نسخه از پایاننامۀ خود را تا پایان مرداد ماه به دبیرخانه‌ی این جایزه واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر (بخارست)، نبش کوچه سوم، پلاک ۸، مرکز فرهنگی شهر کتاب ارسال کنند.
هیات داوران این جایزه متشکل از فتحالله مجتبایی، ضیاء موحد، حسین معصومی همدانی، شهرام پازوکی، محمد دهقانی و علی‌اصغر محمدخانی، پس از داوری پایاننامههای رسیده، پایاننامۀ برگزیده را معرفی می‌کنند.
در سه دورۀ گذشته این جایزه، سمیرا بامشکی، علیرضا اسدی، محمدرضا عدلی، سلمان ساکت و ارسطو میرانی برگزیدگان این جایزه بوده‌اند.
پایان‌نامه برگزیده به همت انتشارات هرمس به صورت کتاب منتشر می شود.
گفتنی است پایان نامه‌های ارسالی، پس داده نمی‌شود و از ارسال پایان نامه‌هایی که پیش از سال ۹۲ و یا پس از آن دفاع شده‌اند، خودداری شود. پایاننامههای ارسالی حتما باید در مقطع دکتری دفاع شده باشند و در دو رشتۀ مذکور.