با انتصاب دکتر مهاجرانی به وزارت، وی دکتر محقق را که از بقیة الماضین استادان بود، به ریاست انجمن برگزید. در آن زمان آقای مسجد جامعی به معاونت فرهنگی و سمت قائم مقامی منصوب شده بود. ایشان به خاطر لطفی که همواره به من داشته و دارند، نام حقیر را در فهرست نامزدان ریاست انجمن مفاخر قرارداده بودند. وقتی این مطلب را پس از انتصاب دکتر محقق به من فرمودند، به ایشان عرض کردم که ریاست این انجمن با سابقۀ 70 ساله را، همواره بزرگان و استادان صاحب نام که خود از مشاهیر و مفاخر بوده اند، برعهده داشتنند و به نظر من دکتر محقق تنها کسی است که پس از انقلاب بحق تکیه بر جایگاه وزین این مسند زده اند و طبعاً مقام و اعتبار آن را اعتلا و ارتقاء خواهد بخشید.
با آمدن دکتر مهدی محقق به انجمن، آقای مسجد جامعی با اغتنام فرصت، شرایط فرهنگی را مناسب دید تا مؤسسات دولتی وابسته به ارشاد مثل خانه کتاب، مؤسسۀ نمایشگاههای فرهنگی، مؤسسۀ رسانه های تصویری، انجمن موسیقی و چندین مرکز دیگر، به صورت هیأت امنایی اداره شوند. آقای مسجد جامعی به من گفت که الان وقت آن است که میراث مکتوب با دستور وزیر تبدیل به یک مؤسسۀ غیر دولتی شود، منتها شما بروید نظر دکتر محقق را جلب کنید. لذا خدمت استاد محقق رسیدم. موضوع وابستگی میراث به انجمن را بازگو کردم. ایشان بدون درنگ فرمودند: چرا باید شما زحمت بکشید کتاب چاپ کنید، آن وقت به نام ما (انجمن) تمام شود؟
هرگز آن روز فرخنده از خاطرم نمی رود. موضوع را به آقای مسجدجامعی اطلاع دادم. قرار شد نظر دکتر محقق به جناب وزیر اعلام شود. وزیر بلافاصله با تأسیس مؤسسۀ نشر میراث مکتوب موافقت کردند. دکتر محقق از سال 78، زمان تأسیس تاکنون عضو هیأت امنای میراث مکتوب هستند.
بی شک اگر قرار بود این مرکز به همان صورت زیر نظر انجمن اداره می شود، حتماً همان سواری پیکان امانتی که به من داده بودند، در اوان کار پنچر می شد و میراث مکتوب به سرنوشت مراکزی چون مرکز نشر دانشگاهی و نیز انجمن مفاخر در دورۀ قبل (88-92) دچار می گردید.
قبول مدیریت برای بازگشت دوباره به انجمن توسط دکتر محقق، نشان از شوق و علاقۀ ایشان و نیز بی تدبیری تغییر در دولت قبل داشته و دارد، آن هم با جایگزین کردن فردی که نشانی از صلاحیت در او نبود. دکتر محقق با کوله باری از تجربه و دانش و حافظه ای پر از محفوظات و خاطرات آموزنده، خود آموزگاری آگاه و اسوه ای است برای نسل علاقه مند به فرهنگ اسلامی و ایرانی.
هرچند وی به بازوانی توانمند برای مدیریت بخش اجرایی و اداری و انتشاراتی آن انجمن نیاز دارد، تا با فراغ بال و آسودگی خیال، بتواند رهبری علمی و معنوی این کشتی توفان زده را به عهده بگیرد و ذهن خود را درگیر اباطیل اداری و مالی نکند. البته ایشان از تجارب گذشته بخوبی بهره خواهند گرفت و با درک شرایط اقتصاد مقاومتی، از مدیرانی جوان، مدد خواهد خواست تا بتوانند به تهذیب و تنقیح و تصغیر سازمانی و تمشیت امور آن مرکز بپردازند، در این صورت است که حضرت ایشان موفق خواهند شد همچون گذشته آثار ارزشمندی را به جامعۀ علمی کشور تقدیم نمایند.
مرکز پژوهشی میراث مکتوب همواره خود را مدیون استاد فرزانه دکتر مهدی محقق می داند و قبول مدیریت جدید را به ایشان تبریک می گوید و برای او آرزوی طول عمر و توفیقات روزافزون دارد.