سرانجام بغدادی در سال 429 نیشابور را به علت هجوم ترکمانان ترک کرد و به اسفراین رفت و در همان سال فوت کرد و در کنار استادش ابواسحاق اسفراینی دفن شد.
از آثار او می‌توان به اینها اشاره کرد:
الفرق بین الفرق، فضائح الکرّامیّة، تأویل متشابِه الاَخبارِ والایات، التحصیل، العماد فی مواریث العباد، تفضیل الفقیر الصابر علی الغَنیِّ الشّاکِر در تصوف، کتابی در حساب و …
دوران حضور بغدادی در نیشابور معاصر بود با حضور و قدرت کرامیه، و می‌دانیم که این زمان بر پیروان فرق و مذاهب سخت می‌گذشته است. افزون بر آن درگیری‌های مذهبی بین دیگر فرق تسنن و اوضاع آشفته سیاسی، خراسان را در معرض آشوب قرار داده بود.
کتاب مهم و مشهور بغدادی الفرق بین الفرق است که پس از مقالات الاسلامیین ابوالحسن اشعری کتابی جامع و کامل است، اما وی بر خلاف اشعری، حداقل رعایت بی‌طرفی را نکرد و در ورطه تعصب افتاد. وی در این راه گاهی چنان افراط کرده که کتاب وی از یک متن فرق و نحل، به یک متن جدلی ـ اتهامی و بازخواست تبدیل شده است.
به هر حال، به تازگی کتابی درباره آرای کلامی و در عراق منتشر شده که دیوان وقف سنی آن را چاپ کرده است. کتاب مذکور رساله دکتری نویسنده در عراق بوده که به صورت کتاب درآمده است. نویسنده به درستی متذکر شده که بغدادی آرای کلامی خود را در خدمت فرق نویسی بکار گرفت و سپس به رد آنها پرداخت. برای شناخت بغدادی افکار کلامی او و همچنین آگاه شدن از فضای فکری خراسان در آن زمان و آنچه دانشمندان تسنن با آن مواجه بودند، کتاب مذکور مناسب است.
فهرست مطالب کتاب:
المقدمة
الباب الاول: اهم الفرق الکلامیة و حیاة البغدادی
الفصل الاول: اهم الفرق الکلامیة
الفصل الثانی: حیاة البغدادی و منهجه
الفصل الثالث: اقوال العلماء فی البغدادی و فوائده
الباب الثانی: البغدادی و الآراء الکلامیه
الفصل الاول: صفات المعانی
الفصل الثانی: الصفات السلبیه
الفصل الثالث: الاستواء و الرؤیة و خلق الافعال و تقدیر الارزاق
الفصل الرابع: النبوة و الامامة
الفصل الخامس: المعجزة
الفصل السادس: اثبات عذاب القبر و نعیمه و خلق الجنة و النار
الخاتمة
تراجم بعض الفرق الکلامیة
تراجم بعض الاعلام
المصادر
كتاب كتاب البغدادی و آراؤه الکلامیة نوشته طه یاسین کاظم الدلیمی از سوي نشر دیوان الوقف السنی منتشر شده است.
منبع: كتابخانه تخصصي تاريخ اسلام و ايران